Através de meios desconhecidos, Shin foi capaz de despertar o Mangekyō Sharingan. Seu padrão é um grande círculo ao redor da pupila com três pontos. O mesmo padrão Mangekyō também se reflete em todos os seus Sharingan. Sua proficiência com este dōjutsu lhe permite usar suas técnicas Mangekyō sem ativar sua forma Mangekyō. Com seu olho direito, Shin é capaz de usar ninjutsu espaço-tempo, com o qual ele pode criar uma barreira que teletransporta instantaneamente a si mesmo e qualquer coisa dentro dela para outro local. Dependendo da situação, ele pode manipular o tamanho e a forma do espaço afetado. Também com o olho direito, ele mostrou ser capaz de manipular telecineticamente qualquer ferramenta que tenha marcado com uma marca especial. Com ele, Shin mostrou controle muito refinado, sendo capaz de manipular várias armas de uma vez para atacar o seu adversário a partir de vários ângulos e também sendo capaz de realizar cirurgia em si mesmo. Ele também é capaz de manipular alvos múltiplos e juntá-los para formar uma infinidade de formas para uma maior versatilidade na batalha.
JIKUUKAN NINJUTSU
Necessário: Mangekyō Sharingan Shin, Dojutsu (Avançado), Jikukan Ninjutsu (Avançado) e Perícia em Jikukan Ninjutsu.
Nível: Avançado
Alance: Curto
Descrição: O Mangekyō Sharingan de Shin lhe garante a capacidade de criar uma barreira dimensional através de seu olho direito, o que lhe permite instantaneamente teletransportar todos em seu alcance para praticamente qualquer local de seu interesse, bem como uma dimensão exclusiva que lhe serviu de esconderijo. Esta técnica tem efeito até mesmo em substâncias baseadas em chakra. Para adequar-se à situação, a forma e o tamanho da barreira espacial pode ser manipulado de acordo com a vontade do usuário.
Nível: Avançado
Alance: Curto
Descrição: O Mangekyō Sharingan de Shin lhe garante a capacidade de criar uma barreira dimensional através de seu olho direito, o que lhe permite instantaneamente teletransportar todos em seu alcance para praticamente qualquer local de seu interesse, bem como uma dimensão exclusiva que lhe serviu de esconderijo. Esta técnica tem efeito até mesmo em substâncias baseadas em chakra. Para adequar-se à situação, a forma e o tamanho da barreira espacial pode ser manipulado de acordo com a vontade do usuário.
BUKI SÕSA NO JUTSU
Necessário: Mangekyō Sharingan Shin, Dojutsu (Avançado) e Fuuinjutsu (Avançado).
Nível: Avançado
Alance: Variável
Descrição: Após marcar sua arma de escolha com um juinjutsu presente em sua mão, através do contato direto, o usuário pode manipular e lançar vários objetos de uma só vez, tornando-se cada vez mais difícil para os inimigos combate-lo. Quando o oponente é atingido pelas armas marcadas, seus movimentos passam a ser restringidos, como visto quando Sasuke Uchiha é golpeado. A técnica também permite marcar outras pessoas, podendo utiliza-las como um escudo humano para evitar ataques inimigos. Essa técnica permite que o usuário não apenas manipule objetos, mas também desmonte e crie armas improvisadas.
Nível: Avançado
Alance: Variável
Descrição: Após marcar sua arma de escolha com um juinjutsu presente em sua mão, através do contato direto, o usuário pode manipular e lançar vários objetos de uma só vez, tornando-se cada vez mais difícil para os inimigos combate-lo. Quando o oponente é atingido pelas armas marcadas, seus movimentos passam a ser restringidos, como visto quando Sasuke Uchiha é golpeado. A técnica também permite marcar outras pessoas, podendo utiliza-las como um escudo humano para evitar ataques inimigos. Essa técnica permite que o usuário não apenas manipule objetos, mas também desmonte e crie armas improvisadas.
DIMENSÃO DE UCHIHA SHIN
Essa dimensão é a antiga base de operações de Shin Uchiha e seus clones. Sua paisagem é de cor predominantemente clara e constituída por rochas de forma peculiar, na parte externa há um grande rio e várias cataratas. O local possui um sistema de cavernas que escondem uma sala com equipamentos médicos para realizar cirurgias e tubos através das partes superiores. No anime, há um lago vermelho e grandes encanamentos que estão dentro das grandes rochas que formam as cavernas. Inicialmente acreditava-se que o esconderijo de Shin estava localizado em algum lugar da Terra, porém mais tarde Naruto revela que ele situa-se em uma dimensão paralela.